1948年10月长春解放，建立长春特别市，下设12区。其中长春区、胜利区所辖范围为今天的南关区大致范围。1949年5月，长春区政府改为长春区人民政府，胜利区政府改为胜利区人民政府。同年9月，区人民政府改为区公所。1950年8月，长春区公所改为第一区公所，胜利区公所改为第三区公所。1952年9月，区公所改名为区人民政府。1955年2月，区人民政府改为区人民委员会，同年7月，第一区人民委员会改为长春区人民委员会，第三区人民委员会改为南关区人民委员会。1957年6月，长春区人民委员会和南关区人民委员会合并为南关区人民委员会，保留两区人民委员会所辖的21街道办事处。1961年，从郊区净月人民公社划出4村，成立幸福人民公社，隶属南关区。1966年，从郊区永春人民公社划出4村，成立光明、黑嘴子人民公社，隶属南关区。1983年3月，郊区所辖幸福乡、净月乡划归南关区人民政府管辖。1986年11月，南关区人民政府所辖7个街道办事处划分为14个街道办事处，分别为东安、长通、新春、西五、清明、自强、民康、南街、全安、曙光、永吉、南岭、磐石、桃源。1995年7月，长春市进行了行政区划调整。将东安、长通2个街道办事处划到宽城区，由南关区代管；将郊区的新立城、大南2个镇划入南关区；将净月镇划入净月旅游经济开发区。南关区共辖东安、长通、新春、西五、清明、自强、民康、全安、南街、曙光、永吉、桃源、磐石、南岭14个街道办事处和幸福乡、新立城镇、大南镇。1999年12月，长春市人民政府调整城区街道办事处设置，南关区撤销东安街道办事处，将其所辖行政区域划归长通街道办事处管辖；撤销西五街道办事处，将其所辖行政区域划归新春街道办事处管辖；将自强街道办事处的咸阳路、树勋街2个居民委员会划归民康街道办事处管辖；撤销清明街道办事处，将其所辖行政区域划归自强街道办事处管辖；撤销磐石街道办事处，将其所辖行政区域划归南岭街道办事处管辖；撤销南街街道办事处，将其所辖行政区域划归全安街道办事处管辖。南关区共辖长通、新春、自强、民康、全安、曙光、永吉、桃源、南岭9个街道办事处和幸福乡、新立城镇、大南镇。2003年，长春市人民政府第13次常务会决定，将南关区新立城镇、新湖镇（原大南镇）划归净月旅游经济开发区代管，南关区辖9个街道和幸福乡。2005年10月成立长春南部都市经济开发区。2006年，南关区新增明珠、鸿城2个街道办事处。2009年，南关区新增富裕街道办事处。